在香港注册公司是否合法以及是否会被查，需要从多方面进行分析。

香港注册公司的合法性

在香港注册公司是合法的商业行为。香港拥有健全且成熟的公司注册法律体系。依据香港《公司条例》，任何符合规定的个人或团体都能依法申请注册公司。其注册程序规范透明，政府相关部门为注册提供了清晰的指引和便捷的服务。

香港作为国际化的金融和商业中心，对公司注册持开放和鼓励态度。注册香港公司具有诸多优势，比如可以提升企业的国际形象，有利于开展海外业务；在税收方面，香港实行简单且低税率的政策，利得税税率相对较低，为企业减轻了税务负担；公司的运营管理也较为灵活，在资金调配、贸易往来等方面有较大的自主性。

被查的情况分析

一般情况下，合法注册并合规运营的香港公司不会被随意调查。但在某些特定情形下，可能会面临相关部门的审查。

违规经营：若公司存在违法违规行为，如参与洗钱、欺诈、逃税等活动，香港执法机构和税务部门会展开调查。例如，公司通过虚假交易来逃避税收，一旦被税务部门察觉异常的财务数据，就会启动调查程序。

信息不实：在注册过程中提供虚假信息，如虚报注册资本、隐瞒重要股东信息等，当监管部门在抽查或因其他原因进行审核时发现问题，公司就可能面临调查。

合规风险：香港对公司的合规要求较为严格，包括每年按时进行公司年审、提交财务报表等。如果公司未能遵守这些规定，可能会收到政府部门的警告，情节严重的会被调查。

如何避免被查

为确保香港公司合法运营且避免被调查，公司应做到以下几点。

遵守法律法规：深入了解香港的商业法律、税务法规等相关规定，确保公司的所有经营活动都在法律框架内进行。

如实申报信息：在注册和后续运营过程中，如实提供各类信息，保证公司资料的真实性和准确性。

规范财务管理：建立健全的财务制度，妥善保存财务记录，按时进行审计和报税。

在香港注册公司本身是合法的，但公司必须严格遵守香港的法律法规，规范运营，才能避免不必要的调查风险，实现持续稳定的发展。