香港公司与大陆合作的税率问题是企业在合作过程中需要考虑的重要问题之一。在香港与大陆的税收制度中，存在一些差异，因此在合作中需要注意税收方面的问题。

首先，香港的企业所得税率相对较低，为16.5%。而大陆的企业所得税率则为25%，较高。因此，在合作中，香港公司可能需要考虑如何最大化利用香港的税收优势，降低所得税负担。例如，可以通过在香港注册子公司或分支机构等方式，将部分利润转移至香港，以减少在大陆的所得税负担。

其次，香港与大陆之间存在着双重征税的问题。在合作中，如果同一笔收入在香港和大陆都需要缴纳所得税，将会增加企业的税负。为了避免这种情况的发生，香港与大陆之间签署了《内地与香港特别行政区关于避免双重征税和防止偷漏税的协议》，企业可以根据协议规定的程序申请享受减免税款的优惠。

最后，香港与大陆之间的税收协定也需要企业注意。税收协定是两国之间的法律文件，规定了在特定情况下企业如何避免双重征税、如何享受减免税款等问题。企业在合作前需要了解两国之间的税收协定，以便在合作中避免不必要的税收风险。

综上所述，香港公司与大陆合作的税率问题并不简单，需要企业在合作前进行充分的了解和规划。企业可以通过合理的税务筹划，最大化利用香港的税收优势，降低所得税负担，同时遵守两国之间的税收法律，避免不必要的税收风险。