香港公司在内地注册商标与普通商标注册在流程上既有相似之处，也存在一些不同。

前期准备阶段

无论是香港公司还是普通主体注册商标，都需要进行商标查询。这一步至关重要，通过查询可以了解准备申请注册的商标与他人在先注册的商标是否相同或近似，从而降低注册失败的风险。可以在中国商标网等官方平台进行查询。

不同的是，香港公司注册内地商标需要提供主体资格证明文件，即公司注册证书；而普通内地公司提供营业执照副本复印件即可，内地自然人则需提供身份证和个体工商户营业执照。香港公司还需提供相应的中文翻译件，并由翻译机构盖章确认。

申请阶段

普通商标注册既可以自行办理，申请人通过商标局官网的网上服务系统在线提交商标注册申请，也能委托在商标局备案的商标代理机构办理。香港公司在内地注册商标通常建议委托商标代理机构办理。因为涉及到境外主体的相关文件和程序，代理机构更熟悉流程和要求，能更专业地处理各类问题，提高申请成功率。

申请时都要填写商标申请书，明确商标的类别、商品或服务项目等信息。但香港公司提交的申请书可能需要额外注明公司的英文名称和地址等信息。

审查阶段

这一阶段，商标局对所有商标申请的审查标准是一致的。首先进行形式审查，主要检查申请书件是否符合规定格式、文件是否齐全等。若存在问题，会要求申请人在规定时间内补正。

接着是实质审查，审查商标是否具备显著性，是否违反禁用条款，是否与他人在先商标冲突等。无论是香港公司还是普通主体的商标申请，都要经过这两个审查环节。

公告阶段

如果商标通过了实质审查，就会进入为期三个月的公告期。在公告期内，任何人都可以对商标提出异议。此阶段香港公司商标和普通商标的流程没有差异。

注册阶段

公告期无人提出异议或者异议不成立的，商标局会核准注册，颁发商标注册证书。香港公司领取商标注册证书时，若委托了代理机构，证书会先寄给代理机构；而普通主体可以根据选择的领取方式（自行领取或由代理机构领取）获得证书。

总体而言，香港公司注册内地商标与普通商标注册在核心流程上大体相同，但在申请主体资格证明文件、申请途径等方面存在一些不同。了解这些差异，能帮助香港公司更顺利地完成内地商标注册。