在探讨香港注册公司避税是否合法及是否会被查这个问题时，需要从多个角度进行分析。

香港拥有相对宽松的税收政策，这吸引了众多企业在此注册。企业通过合理利用香港的税收制度进行税务筹划是可行的，但必须明确合法避税与非法逃税的界限。合法避税是在法律允许的范围内，通过对经营、投资、理财等活动的事先筹划和安排，尽可能地取得节税的经济利益。例如，香港采用地域来源征税原则，只有源自香港的利润才须在香港课税，所以企业可以通过合理安排业务，将利润来源地转移至香港以外，从而降低税负。

如果企业采取不正当手段来避税，那就是违法的，必然会面临被查的风险。比如，通过伪造账目、虚构交易、不合理的关联方定价等方式来人为减少应纳税额，这就属于逃税行为。一旦被税务机关发现，不仅要补缴税款、缴纳高额罚款，相关责任人还可能面临刑事处罚。

香港税务机关具备一系列先进的监管手段和方法来监测企业的税务情况。他们会通过大数据分析、风险评估模型等技术，对企业的财务数据、交易记录等进行深入审查。如果发现企业的税务安排存在可疑之处，就会展开调查。

同时，随着国际税收合作的加强，香港与其他国家和地区的税务信息交换日益频繁。这意味着企业在香港的税务情况更容易被其他相关地区掌握，一旦存在违规避税行为，在国际税收监管的大环境下，很难逃脱被查处的命运。

从实际案例来看，曾经就有一些企业因在香港注册公司时进行非法避税操作而被查处。这些企业最终都受到了严厉的法律制裁，付出了沉重的代价。

所以，香港注册公司避税本身并不违法，但前提是必须遵守法律规定，进行合理、合规的税务筹划。企业应当建立健全的财务管理制度，确保账目真实、准确、完整，按照法律要求履行纳税义务。只有这样，才能在享受香港良好营商环境和税收政策优势的同时，避免因违法避税行为而带来的法律风险。合法经营、依法纳税是企业持续健康发展的基石，任何试图通过违法手段避税的行为都不可取，必将受到法律的制裁。