在香港注册的公司在大陆经营，税收问题较为复杂，需要综合考虑多方面因素。

香港公司属于境外公司。若其在大陆没有实际的经营场所、人员等构成常设机构的情况，对于一些来源于大陆的收入，比如股息、利息、特许权使用费等，在符合税收协定规定的条件下，可能适用较低的预提所得税税率。例如，根据内地与香港税收安排，对于符合条件的股息所得，一般按5%的税率计征预提所得税。

如果香港公司在大陆构成了常设机构，情况就有所不同。常设机构是指企业进行全部或部分营业的固定营业场所，包括管理场所、分支机构、办事处、工厂、作业场所等。一旦构成常设机构，其在大陆取得的与该常设机构有实际联系的所得，都要按照大陆的企业所得税法规定缴纳企业所得税，一般税率为25%。但对于一些符合小型微利企业条件的，可享受较低的优惠税率。

在增值税方面，如果香港公司在大陆提供应税服务等，就需要缴纳增值税。比如提供咨询服务、技术服务等，按照相应的增值税税率计算缴纳。不同的服务类型税率不同，像现代服务业一般税率为6%。

另外，还涉及到印花税等其他税种。如果签订相关合同等应税凭证，可能需要缴纳印花税。

香港公司在大陆经营时，要注意税收申报和缴纳的合规性。需按照大陆税法规定的期限和方式进行纳税申报。同时，要准确核算收入、成本等各项涉税要素，确保纳税计算的准确性。

对于香港公司来说，充分了解内地与香港的税收协定以及大陆的税收政策至关重要。可以通过合理的税务筹划，在合法合规的前提下，降低税收成本。例如，优化业务模式，避免不必要的税负增加；准确把握税收优惠政策的适用条件，充分享受政策红利。

香港公司在大陆经营的税收计算较为复杂，要综合多方面因素进行考量和准确计算。企业应重视税务合规，加强与专业税务顾问的沟通与合作，以妥善处理税收相关事宜，保障企业在大陆经营的顺利开展。