香港公司注册微信公众号与内地存在多方面不同。

在注册主体资质方面，内地注册通常需提供内地的营业执照等相关证件，且对企业的经营范围、注册地等有明确规定。而香港公司注册微信公众号，除了要提供香港公司的注册证书、商业登记证等文件外，由于地域差异，在审核时可能会更注重公司信息与内地规则的衔接以及对其合法性的准确判断。

注册流程上，内地注册微信公众号有一套较为固定且详细的指引，按照系统提示逐步操作即可。香港公司注册时，可能在某些环节需要额外补充一些材料以证明其香港公司的特性以及与内地运营的关联，例如涉及跨境业务时的相关说明等。

再者，账号功能使用方面，香港公司注册的公众号在内地运营，部分功能可能会受到一定限制。比如一些需要特定资质或与内地政策紧密相关的功能，可能无法完全等同于内地企业注册的公众号使用。在内容发布上，也需遵循内地的法律法规和微信公众平台的规则，不能发布违法违规、违背公序良俗等内容。

另外，在认证环节，内地公司有多种认证方式可供选择，以满足不同的业务需求。香港公司认证时，可能会因涉及境外主体而在审核标准和流程上更为严格，要确保公司信息真实有效且符合内地的运营规范。

还有，在信息安全管理上，香港公司注册的公众号同样要遵循内地关于网络信息安全的要求，保护用户隐私，防止信息泄露等问题。

同时，税务方面也存在差异。内地公司在运营公众号涉及相关收入时，有明确的税务规定和申报流程。香港公司若通过公众号在内地开展经营活动产生税务问题，需要按照内地和香港两地的税务协定以及内地的税收法规进行处理，可能涉及跨境税务申报等复杂情况。

在后续监管和合规维护上，内地有专门针对公众号运营的监管机制，内地企业需严格遵守。香港公司注册的公众号在内地运营，也要时刻关注政策变化，确保自身运营符合内地的各项要求，否则可能面临账号限制、处罚等后果。香港公司注册微信公众号在诸多方面与内地存在不同，需要仔细了解并遵循相关规定，以保障公众号的正常运营。