在香港注册公司后想要在大陆经营，需要办理一系列手续，以确保合法合规运营。

要进行公司主体资格证明的公证认证。这是大陆承认香港公司合法性的重要步骤。需将香港公司注册证书、商业登记证等文件送往中国委托公证人处进行公证，之后再转递中国法律服务（香港）有限公司加章转递。

接着，办理工商登记手续。根据经营业务范围，确定是否需要前置审批或许可证。如果涉及特定行业，如食品经营、医疗器械等，要先取得相应的许可证才能办理工商注册。一般来说，要向大陆当地工商行政管理部门提交公司登记申请书、公司章程、法定代表人身份证明等材料，申请设立登记或变更登记。

税务方面也不容忽视。需向大陆税务机关进行税务登记，确定纳税种类、申报方式等事项。按照大陆税收法规，按时申报纳税，履行纳税义务。

若开展进出口业务，要办理海关备案等手续。向海关提交相关资料，备案企业信息和进出口经营权等，以便顺利进行货物的进出口报关等操作。

在银行开户也是关键环节。选择一家合适的大陆银行，提交公司相关文件，申请开设银行账户，用于资金收付、结算等业务。

还需注意遵守大陆的法律法规、行业规范和市场秩序。按规定参加各类年检、年报等工作，确保公司持续合法经营。

同时，要妥善处理财务、会计等事务。按照大陆会计准则进行账务处理，聘请专业的会计人员或委托会计代理机构，做好财务核算和税务申报工作。

在经营过程中，与大陆当地政府部门、行业协会等保持良好沟通，及时了解政策变化和行业动态，以便调整公司经营策略，适应市场环境。

在香港注册公司在大陆经营，要全面、细致地办理各项手续，合法合规开展业务，才能实现稳定、健康的发展。每个环节都相互关联，缺一不可，只有做好充分准备和周全安排，公司才能在大陆市场顺利运营，取得良好的经济效益。