香港公司注册国内商标流程与内地存在一些不同之处。

主体资格方面。香港公司在内地申请商标，需要提供相应的主体资格证明文件，如公司注册证书、商业登记证等，并经过中国委托公证人公证以及中国法律服务（香港）有限公司加章转递。而内地企业申请商标则相对简便，直接提供营业执照等相关证明即可。

办理途径上。香港公司既可以自行前往商标局北京商标注册大厅办理，也可以委托商标代理机构办理。内地企业同样有这两种选择，但由于内地商标申请量较大，委托专业代理机构办理能更高效地完成流程。

再者，申请流程细节。在商标查询环节，内地企业和香港公司都可通过商标局官网等渠道进行查询，但香港公司因主体文件不同，在提交申请材料时会有额外的公证转递手续要办理。内地企业提交申请后，商标局会进行形式审查和实质审查。香港公司申请商标时，审查流程类似，但由于公证等文件的提交可能存在时间差等因素，在进度把握上需更留意。

另外，商标异议程序。若商标申请过程中有人提出异议，内地企业和香港公司都需在规定时间内进行答辩等应对措施。不过香港公司可能因文件传递等问题，在信息获取和处理异议时间上要更紧凑安排。

还有，商标续展方面。香港公司商标续展时，同样要保证主体资格证明文件有效且经过相应公证转递等手续。内地企业则按照正常流程，在商标到期前办理续展。

在费用方面，香港公司申请商标除了要缴纳与内地企业相同的官费外，还需额外承担公证、转递等服务费用，这使得整体申请成本有所增加。

总体而言，香港公司注册国内商标流程在主体资格证明文件及办理手续上比内地企业多了公证转递等环节，在办理过程中要更注重文件的准备和时间节点的把控，以确保商标申请能够顺利进行。无论是香港公司还是内地企业，都应充分了解商标注册流程及相关规定，保护好自身的知识产权。