香港公司注册商标流程与内地存在一些不同之处。

在内地注册商标，通常可以通过自行办理或者委托商标代理机构办理。而在香港，一般需要委托当地的商标代理机构来处理相关事宜，因为香港商标注册处要求必须通过商标代理进行申请。

商标查询环节都很重要。内地和香港在商标申请前都建议进行商标查询，以了解是否存在相同或近似商标，降低被驳回的风险。但查询系统可能有所差异，内地主要通过国家知识产权局商标局的官方查询系统，香港则有其自身的商标查询数据库。

再者，申请材料方面。内地申请商标需提交申请书、商标图样、申请人身份证明文件等。香港申请除了类似的基础材料外，还可能需要额外提供一些关于申请人资格等方面的证明文件，比如香港公司的注册证明等，且文件格式和要求也有一定区别。

然后是审查流程。内地商标审查主要包括形式审查和实质审查，形式审查主要看申请文件是否符合规定，实质审查则考察商标是否具备显著性、是否违反禁用条款等。香港的审查流程也类似，但具体的审查标准和细节会有所不同，例如对于商标的显著性判断标准在某些方面可能存在差异。

在公告期方面，内地商标初审公告期为3个月，期间任何人都可提出异议。香港商标公告期一般为3个月，异议期内若无人提出异议或异议不成立，商标将会注册成功。

注册时间上，内地商标注册从申请到发证一般需要9个月左右，顺利的话可能更快。香港商标注册时间通常也需要几个月，具体时长会因申请情况和审查进度而有所不同。

总的来说，香港公司注册商标流程与内地在诸多环节存在不同。香港公司在内地注册商标时，需按照内地的规定和流程进行。无论是在香港还是内地注册商标，都要充分了解相关流程和要求，确保申请顺利进行，以获得有效的商标保护。企业应根据自身业务需求和发展规划，合理选择在合适的地区进行商标注册，维护自身的品牌权益。