香港公司注册公众号与内地流程存在一些不同之处。

主体资质方面。在内地注册公众号，一般使用内地的营业执照等相关资质。而香港公司注册公众号，需要提供香港公司注册证书、商业登记证等文件。

注册流程上。内地注册公众号通常可通过微信公众平台直接在线提交资料，按系统提示逐步操作。香港公司注册时，可能需要额外的验证环节，比如对提供的香港公司相关文件进行更严格的审核，以确保主体真实性和合法性。

再者，认证环节有差异。内地有多种认证方式，如企业认证等，按照规定步骤提交相应材料即可。香港公司注册公众号可能在认证时，对于一些文件的翻译等会有特别要求。例如，香港公司的相关文件如果是英文的，可能需要提供正规的中文翻译件，且翻译件需经过特定的认证或公证程序。

另外，在账号信息填写方面。内地注册时按照内地规范填写公司地址、联系方式等信息。香港公司则要准确填写与香港注册地址相关的信息，联系方式等也需符合香港地区的习惯和规定。

从运营角度来看，香港公司注册的公众号在内容发布等方面，也要遵循微信公众平台的整体规则，但可能在一些法律法规的适用细节上有所不同。比如涉及到广告宣传等内容，要同时符合香港和内地相关的广告法规。

支付相关环节也有区别。内地有较为完善的适合内地市场的支付体系对接方式。香港公司注册公众号在接入支付功能时，可能要考虑与香港本地支付系统或跨境支付方式的适配，流程会相对复杂一些。

在后续管理方面，无论是内地还是香港公司注册的公众号，都要定期维护账号信息、遵守平台规则等。但香港公司可能需要更关注与香港法律环境相关的事项，比如数据隐私保护等方面香港有其独特的法律要求，在公众号运营中要确保合规。

香港公司注册公众号在资质提供、注册流程、认证、信息填写、运营及管理等多个环节都与内地存在差异，需要仔细了解并按照相应规定和流程操作，以顺利完成公众号注册并合规运营。