香港公司注册商标流程与内地商标注册存在一些不同之处。

受理机构不同。在内地，商标注册是通过国家知识产权局商标局进行受理。而香港公司注册商标则是向香港知识产权署提出申请。

申请所需材料略有差异。内地商标注册一般需要提供商标申请书、商标图样、申请人身份证明文件等。对于香港公司而言，除了类似的基本材料外，可能还需要提供公司注册证书等相关证明文件以证明其主体资格。

再者，审查流程方面。内地商标注册审查主要包括形式审查和实质审查。形式审查主要检查申请文件是否齐全、符合格式等；实质审查则会对商标的显著性、是否违反禁用条款等进行审查。香港公司商标注册同样有形式审查，但在实质审查环节，可能在某些细节标准或侧重点上与内地有所不同。

另外，在商标异议程序上也有区别。内地商标注册过程中，任何人都可以在规定期限内对初步审定公告的商标提出异议。香港公司注册商标的异议程序与之类似，但在具体的规定期限、异议理由的适用范围等方面会存在一定差别。

在注册时间上，虽然都受到多种因素影响，但由于两地审查机制和工作效率等方面的差异，导致整体注册时间也有所不同。一般来说，内地商标注册从申请到核准注册可能需要较长时间，而香港公司注册商标的时间进程也会因具体情况而有所波动，但在一些环节的处理速度和周期上与内地有别。

费用方面，香港公司注册商标的收费标准与内地不同。收费项目和金额会根据商标的类别、申请流程中的具体服务需求等因素而确定，与内地商标注册收费体系存在差异。

商标保护范围及后续管理也有不同。香港作为中国的特别行政区，在商标保护上遵循相关的法律规定和国际规则，其保护范围和内地在一些细节界定上会有所不同。在后续管理方面，如商标续展、变更等流程，虽然都有相应规定，但在具体操作要求、办理期限等方面存在差异。

香港公司注册商标流程与内地商标注册在多个方面存在不同，香港公司若要在香港地区注册商标，需要了解并遵循香港知识产权署的相关规定和流程，以确保商标注册的顺利进行和有效保护。